Emergence of robustness against noise: A structural phase transition in evolved models of gene regulatory networks

We investigate the evolution of Boolean networks subject to a selective pressure which favors robustness against noise, as a model of evolved genetic regulatory systems. By mapping the evolutionary process into a statistical ensemble and minimizing its associated free energy, we find the structural properties which emerge as the selective pressure is increased and identify a phase transition from a random topology to a "segregated core" structure, where a smaller and more densely connected subset of the nodes is responsible for most of the regulation in the network. This segregated structure is very similar qualitatively to what is found in gene regulatory networks, where only a much smaller subset of genes --- those responsible for transcription factors --- is responsible for global regulation. We obtain the full phase diagram of the evolutionary process as a function of selective pressure and the average number of inputs per node. We compare the theoretical predictions with Monte Carlo simulations of evolved networks and with empirical data for Saccharomyces cerevisiae and Escherichia coli.Comment: 12 pages, 10 figure

Boolean networks with reliable dynamics

We investigated the properties of Boolean networks that follow a given reliable trajectory in state space. A reliable trajectory is defined as a sequence of states which is independent of the order in which the nodes are updated. We explored numerically the topology, the update functions, and the state space structure of these networks, which we constructed using a minimum number of links and the simplest update functions. We found that the clustering coefficient is larger than in random networks, and that the probability distribution of three-node motifs is similar to that found in gene regulation networks. Among the update functions, only a subset of all possible functions occur, and they can be classified according to their probability. More homogeneous functions occur more often, leading to a dominance of canalyzing functions. Finally, we studied the entire state space of the networks. We observed that with increasing systems size, fixed points become more dominant, moving the networks close to the frozen phase.Comment: 11 Pages, 15 figure

Características da pequena produção agrícola no Nordeste.

A pequena produção agrícola tem-se constituído ultimamente em um dos temas de maior interesse, tanto dos estudiosos das ciências sociais e agrárias como das autoridades governamentais. Tal preocupação decorre do reconhecimento da importância desta forma de produção no conjunto da economia e que se expressa na participação da oferta de alimentos e matérias-primas agrícolas, quando se considere a concentração de grande parte da população nos centros urbanos, a evolução do processo inflacionário etc. Por outro lado, reconhece-se que as condições de trabalho e de vida da maioria dos pequenos produtores são ainda bastante precárias, tornando-os vulneráveis as adversidades do meio em que vivem e produzem. Destacam-se, neste particular, o problema da posse e dos usos da terra, a comercialização da produção, o reduzido nível de organização política, dentre outros fatores que se constituem em fortes restrições sociais e econômicas a melhoria de suas condições de vida.bitstream/item/81500/1/caracteristicas-da-pequena-Sergio-Peixoto-Documentos-61-1995.pdfMenmória

Geração de tecnologia para o setor agrícola.

O processo de geração de tecnologia tem como objetivo principal a obtenção e incorporação de novos conhecimentos ao sistema produtivo, visando a elevação dos índices de produção e de produtividade das atividades agropecuárias. Este processo assume suas características atuais a partir do século XVII quando a geração de conhecimentos desloca-se das mãos dos produtores rurais para as dos cientistas, passando, por conseguinte, a ter uma base urbana. Descobertas dessa época, como as sementes melhoradas, adubação, pastagens artificiais e armazenagem em silos, possibilitaram um acentuado aumento da produção e da produtividade, que associado a outros fatores, contribui para a viabilização da Revolução Industrial.bitstream/item/81545/1/Geracao-de-tecnologia-Sergio-peixoto-Documentos-59-1995.pdfMemória

Avaliação in vitro do antagonismo de Trichoderma spp. sobre Colletotrichum gloeosporioides.

bitstream/CENARGEN/29501/1/bp193.pd

Mapeamento de locos de características quantitativas associados à composição de carcaça, no cromossomo seis de suíno

Uma população de suínos, composta de 550 animais F2, foi produzida a partir do intercruzamento da geração FI, obtida pelo cruzamento divergente de dois machos da raça nativa brasileira Piau com 18 fêmeas comerciais. O objetivo do trabalho foi mapear locos de características quantitativas (QTL) associados a cortes de carcaça. Os animais foram genotipados para I3 marcadores microssatélites, distribuídos no cromossomo 6 de suínos. As características avaliadas foram: peso total do pernil, peso do pernil sem pele e sem capa de gordura, peso total da copa, peso da copa sem pele e sem capa de gordura, peso total da paleta, peso da paleta sem pele e sem capa de gordura, peso total do carré, peso do lombo, peso total do bacon, peso das costelas, peso total da papada, peso do filezinho e peso da banha rama. Utilizou-se o método de regressão por intervalo de mapeamento por meio do programa QTL Express. Foram encontrados indicativos de QTL para peso de pernil limpo, peso de paleta, peso de lombo e peso de filezinho. A região genõmica deve ser saturada com marcadores adicionais para confirmar a presença de QTL reais

Biocontrole do nematoide cavernícola da bananeira e promoção do crescimento por rizobactérias.

A banana é cultivada por muitos países tropicais e apresenta grande importância sócio-econômica. No entanto, o ataque de fitopatógenos, principalmente pelo fitonematoide Radopholus similis, tem ocasionado perdas significativas à produção de banana.Em paralelo aconteceram também os seguintes eventos: V Seminário de Pesquisa do Recôncavo da Bahia; V Seminário Estudantil de Pesquisa da UFRB; V Seminário da Pós-Graduação da UFRB; II Seminário Regional de Pesquisa da EBDA; 5ª Jornada Científica da Embrapa Mandioca e Fruticultura; VIII Seminário Estudantil de Pesquisa e Extensão da FAMAM; Semana de Ciência, Tecnologia e Inovação no Agronegócio; Fórum de Gestores de Iniciação Científica e Tecnológica da Bahia; II Simpósio Baiano de Defesa Agropecuária; I Semana de Educação Tutorial da UFRB

Phases of quantum states in completely positive non-unitary evolution

We define an operational notion of phases in interferometry for a quantum system undergoing a completely positive non-unitary evolution. This definition is based on the concepts of quantum measurement theory. The suitable generalization of the Pancharatnan connection allows us to determine the dynamical and geometrical parts of the total phase between two states linked by a completely positive map. These results reduce to the knonw expressions of total, dynamical and geometrical phases for pure and mixed states evolving unitarily.Comment: 2 figure

Caracterização molecular e morfológica do agente etiológico da pinta preta em solanáceas no Brasil.

Este trabalho objetivou realizar a caracterização molecular e morfológica de isolados de Alternaria obtidos de solanáceas.Resumo 504_1